(1) Агенцията е юридическо лице на бюджетна издръжка към министъра на регионалното развитие и благоустройството със седалище в София, с адрес бул. "Македония" № 3 и със специализирани звена - областни пътни управления, Национално тол управление и Институт по пътища и мостове.
(2) Агенцията се представлява от председателя на Управителния съвет, който се назначава от министъра на регионалното развитие и благоустройството.
(3) Председателят на Управителния съвет на Агенцията е второстепенен разпоредител с бюджет по бюджета на Министерството на регионалното развитие и благоустройството.