(1)(Изм. - ДВ, бр. 96 от 2005 г., в сила от 01.12.2005 г.) Административното ръководство на агенцията се осъществява от главен секретар, назначен от изпълнителния директор.
(2) Главният секретар:
- 1.(изм. - ДВ, бр. 33 от 2015 г.) организира, координира и контролира дейността на административните звена за точното спазване на нормативните актове и разпореждания на изпълнителния директор;
- 2.(изм. - ДВ, бр. 33 от 2015 г.) организира изпълнението на стратегическите цели на агенцията и отговаря за планирането и отчитането на изпълнението им;
- 3. изготвя проект на ежегоден доклад на изпълнителния директор за дейността на агенцията;
- 4. организира подготовката на проекта на бюджет на агенцията;
- 5.(нова - ДВ, бр. 33 от 2015 г.) ръководи и контролира процедурите по разработване, утвърждаване и изменение на длъжностните характеристики на държавните служители;
- 6.(нова - ДВ, бр. 33 от 2015 г.) организира ежегодно изготвянето на доклад за състоянието на администрацията;
- 7.(нова - ДВ, бр. 33 от 2015 г.) контролира спазването на Кодекса за поведение на служителите в държавната администрация;
- 8.(нова - ДВ, бр. 33 от 2015 г.) организира и контролира административната дейност по приемане и обработване на постъпили сигнали, жалби и предложения от юридически и физически лица;
- 9.(нова - ДВ, бр. 33 от 2015 г.) координира и подпомага изготвянето на годишни планове и отчети на агенцията и ежегодния доклад за състоянието на системите за финансово управление и контрол в агенцията.