(1) Изпълнителният директор е орган на изпълнителната власт за изпълнение на държавната политика относно проучването и поддържането на р. Дунав с цел осигуряване на безопасни условия за корабоплаване във вътрешните водни пътища.
(2) Функциите на изпълнителния директор в негово отсъствие се изпълняват от определен от него с писмена заповед служител на агенцията.
(3) Изпълнителният директор отговаря за организацията и дейността на агенцията.
(4)(Нова - ДВ, бр. 33 от 2015 г.) Изпълнителният директор ръководи и представлява агенцията пред държавните органи, физическите и юридическите лица в страната и в чужбина.