(1) Работното време на служителите при 5-дневна работна седмица е 8 часа дневно и 40 часа седмично.
(2)(Изм. - ДВ, бр. 22 от 2012 г., изм. - ДВ, бр. 64 от 2015 г.) Работното време на служителите в агенцията е с променливи граници от 7,30 до 18,30 ч. със задължително присъствие в периода от 10,00 до 16,00 ч. и с обедна почивка 30 минути между 12,00 и 13,30 ч. В тези случаи извън времето на задължителното присъствие служителите могат да отработват дневното работно време през определени дни в следващия или в друг ден от същата работна седмица.
(3)(Нова - ДВ, бр. 22 от 2012 г.) Работното време на одиторите при изпълнение на одитни ангажименти съвпада с работното време на одитираната структура/организация.
(4)(Нова - ДВ, бр. 22 от 2012 г., изм. - ДВ, бр. 64 от 2015 г.) Работното време по ал. 2 се отчита чрез електронна система за контрол на достъпа в сградата на агенцията или по друг подходящ начин. Изпълнителният директор определя със заповед организацията на работа и контрола по спазване на установеното работно време.
(5)(Нова - ДВ, бр. 91 от 2026 г., в сила от 02.10.2026 г.) В агенцията може да се прилага режим на работа от разстояние за държавните служители при условията на Закона за държавния служител. Изпълнителният директор определя със заповед организацията на работата от разстояние, включително реда за възлагане и изискванията за информационна сигурност при отдалечен достъп до информационните системи, използвани в одитната дейност.