(1) Изпълнителният директор се назначава с договор, който се сключва, изменя и прекратява от министъра на иновациите и дигиталната трансформация съгласувано с министър-председателя.
(2) Изпълнителният директор на Агенцията е второстепенен разпоредител с бюджет по бюджета на Министерството на иновациите и дигиталната трансформация.