(1) Изпълнителният директор:
- 1. представлява агенцията в страната и в чужбина;
- 2. ръководи, координира и контролира изпълнението на функциите и задачите на агенцията, както и връзките и с други институции, органи и организации;
- 3. утвърждава стратегически и годишни цели за дейността на агенцията и осъществява контрол по тяхното изпълнение;
- 4. сключва договори, свързани с осъществяването на дейността на агенцията;
- 5. осъществява взаимодействие с институции, органи и организации във връзка с одитната дейност;
- 6.(изм. - ДВ, бр. 94 от 2017 г.) утвърждава становището по чл. 6, ал. 2 и доклада по чл. 6, ал. 3;
- 7.(отм. - ДВ, бр. 94 от 2017 г.)
- 8. предоставя на Европейската сметна палата, на Европейската комисия и на други органи на Европейския съюз информация, поискана във връзка с одитната дейност, и оказва съдействие при осъществяване на дейността им в страната;
- 9.(изм. - ДВ, бр. 94 от 2017 г., изм. и доп. - ДВ, бр. 46 от 2024 г., в сила от 01.06.2024 г.) осъществява комуникация, координация и сътрудничество със структурите на Европейския съюз, Европейската сметна палата и с други институции, органи и организации в областта на одита на средства по ЕФГЗ, ЕЗФРСР, ЕФМДР и ЕФМДРА;
- 10.(изм. - ДВ, бр. 94 от 2017 г.) утвърждава годишен план за обучение на служителите на агенцията;
- 11.(изм. - ДВ, бр. 94 от 2017 г.) поддържа връзки с Европейската комисия по въпросите на методологията, качеството на одитната дейност, указанията и насоките за одит;
- 12.(изм. - ДВ, бр. 94 от 2017 г., изм. и доп. - ДВ, бр. 46 от 2024 г., в сила от 01.06.2024 г.) утвърждава наръчник/наръчници за одит на средствата от ЕФГЗ, ЕЗФРСР, ЕФМДР и ЕФМДРА;
- 13. утвърждава структурата на административните звена и длъжностното разписание на агенцията;
- 14. утвърждава вътрешните актове, процедурите и политиките за работа в агенцията;
- 15. назначава държавните служители в агенцията, изменя и прекратява служебните правоотношения с тях;
- 16. сключва, изменя и прекратява трудовите договори с лицата, работещи по трудово правоотношение в агенцията;
- 17. разрешава отпуските и командирова служителите на агенцията;
- 18. създава съвети като консултативни звена за решаване на проблеми от неговата компетентност;
- 19. създава работни групи за изпълнение на конкретни задачи;
- 20. осъществява и други функции, възложени му със закон или с друг нормативен акт.
(2) Изпълнителният директор може да сключва договори за сметка на агенцията с външни експерти по въпроси, които изискват специални знания и опит.
(3) Функциите на изпълнителния директор в негово отсъствие се изпълняват от определен със заповед за всеки конкретен случай висш държавен служител на агенцията.