(1) Главна дирекция "Изпълнение на наказанията" е организирана в централно управление и териториални служби.
(2) Централното управление е структурирано в отдели и сектори, които подпомагат главния директор при осъществяване на правомощията му, осигуряват технически дейността му и извършват дейности по административното обслужване на физическите и юридическите лица.
(3)(Изм. - ДВ, бр. 14 от 2017 г.) Териториалните служби са затворите и областните служби "Изпълнение на наказанията".