(1) Председателят утвърждава структурата на главните дирекции и дирекциите, създава, преобразува и закрива отдели, а при необходимост - и сектори в отделите, като определя и техните функции.
(2) Председателят назначава и освобождава държавните служители, сключва трудовите договори с другите служители от администрацията на агенцията, както и гражданските договори с експерти, консултанти и сътрудници.
(3) Председателят може да възложи на главния секретар отделни свои правомощия:
- 1. по служебните правоотношения, с изключение на назначаването и прекратяването, както и по налагането на дисциплинарни наказания;
- 2. по сключването, изменянето и прекратяването на трудовите правоотношения със служителите в агенцията;
- 3. по сключването, изменянето и прекратяването на гражданските договори.