(1) Дължими средства по индивидуални финансови корекции, определени на бенефициенти – бюджетни организации, които не са възстановени по реда на чл. 46, подлежат на възстановяване от бюджетите на първостепенните разпоредители с бюджет, разпоредителите с бюджет по чл. 11, ал. 9 от Закона за публичните финанси или от бюджетните организации по чл. 13, ал. 4 от същия закон, в чиито структури е бенефициентът.
(2) Възстановяването на средствата от бюджетните организации по ал. 1 към сметката за средства от Европейския съюз на Националния фонд се отчита като трансфер между бюджетите и сметките за средства от Европейския съюз на Националния фонд. При необходимост се извършват промени по бюджетите съгласно разпоредбите на Закона за публичните финанси.
(3) Възстановяването на средства от първостепенните разпоредители с бюджет може да се извърши и от централния бюджет чрез намаляване по бюджета на първостепенния разпоредител с бюджет на разходи и/или предоставени трансфери и компенсирана промяна на бюджетните взаимоотношения на централния бюджет с бюджета на първостепенния разпоредител с бюджет и сметката за средства от Европейския съюз на Националния фонд съгласно разпоредбите на Закона за публичните финанси.
(4) Възстановяването на средства от разпоредителите с бюджет по чл. 11, ал. 9 и чл. 13, ал. 4 по реда на ал. 3 от Закона за публичните финанси може да се извърши чрез промяна на бюджетното взаимоотношение със съответния финансиращ бюджет по държавния бюджет и промяна на бюджетното взаимоотношение между централния бюджет и финансиращия бюджет.