Основните принципи на управлението и функционирането на системата за защита на националната сигурност са:
- 1. спазване на Конституцията, законите и международните договори, по които Република България е страна;
- 2. политически неутралитет;
- 3. зачитане и гарантиране правата на човека и основните свободи;
- 4. обективност и безпристрастност;
- 5. сътрудничество с гражданите и техните организации;
- 6. откритост, прозрачност и отговорност при формирането и провеждането на политиките за защита на националната сигурност;
- 7. централизирано управление и контрол на разузнавателната дейност;
- 8. защита на информацията и на източниците за придобиването и;
- 9. своевременно предоставяне на информация по компетентност на друг орган или структура от системата за защита на националната сигурност или на друг държавен орган;
- 10. съгласувано провеждане на дейностите за защита на националната сигурност и съчетаване на явни и тайни форми и способи на работа.