(1)(Изм. - ДВ, бр. 98 от 2009 г., изм. - ДВ, бр. 76 от 2015 г., в сила от 02.10.2015 г.) Централното управление на предприятието е организирано в следната структура:
- 1. поделение "Управление движението на влаковете и капацитета";
- 2. поделение "Железен път и съоръжения";
- 3.(отм. - ДВ, бр. 100 от 2010 г., в сила от 01.01.2011 г.)
- 4. главен ревизор по безопасността;
- 5. отдел "Финансов контрол и вътрешен одит"; 5а. (нова - ДВ, бр. 73 от 2016 г., в сила от 16.09.2016 г.) финансов контрольор;
- 6. дирекция "Стратегическо развитие и инвестиционни проекти";
- 7.(отм. - ДВ, бр. 76 от 2015 г., в сила от 02.10.2015 г.)
- 8.(изм. - ДВ, бр. 25 от 2010 г.) дирекция "Обществени поръчки и административно обслужване";
- 9. отдел "Връзки с обществеността и протокол";
- 10. отдел "Правен";
- 11.(изм. - ДВ, бр. 49 от 2014 г., в сила от 13.06.2014 г., отм. - ДВ, бр. 41 от 2019 г., в сила от 21.05.2019 г.)
- 12.(нова - ДВ, бр. 25 от 2010 г.) отдел "Управление на човешките ресурси";
- 13.(нова - ДВ, бр. 25 от 2010 г., в сила от 14.12.2012 г., изм. - ДВ, бр. 6 от 2018 г., в сила от 16.01.2018 г.) отдел "Интегрирани инвестиционни проекти";
- 14.(нова - ДВ, бр. 49 от 2014 г., в сила от 13.06.2014 г.) отдел "Международна дейност";
- 15.(нова - ДВ, бр. 76 от 2015 г., в сила от 02.10.2015 г., отм. - ДВ, бр. 73 от 2016 г., в сила от 16.09.2016 г.)
- 16.(нова - ДВ, бр. 76 от 2015 г., в сила от 02.10.2015 г.) отдел "Управление на държавната собственост и кадастър";
- 17.(нова - ДВ, бр. 73 от 2016 г., в сила от 16.09.2016 г.) дирекция "Бюджет, финанси и информационни системи;
- 18.(нова - ДВ, бр. 41 от 2019 г., в сила от 21.05.2019 г.) служител, сигурност на информацията.
(2) Поделенията и дирекциите в централното управление са организирани в отдели и сектори, като се ръководят от директори, а отделите и секторите - от ръководители.