Средствата на фонда се разходват за:
(Доп. - ДВ, бр. 83 от 2010 г.) Средствата на фонда се разходват за:
- 1. изпълнение на Националната стратегия за научни изследвания;
- 2. целево финансиране на национални научни програми;
- 3. провеждане на фундаментални и приложни научни изследвания;
- 4.(нова - ДВ, бр. 83 от 2010 г.) поддържане на научна инфраструктура и научни комплекси;
- 5. участие в международни програми и проекти, свързани с научни изследвания;
- 6. подготовка и реализация на демонстрационни проекти;
- 7. научни издания;
- 8. награди за научни постижения;
- 9. организиране и провеждане на форуми, свързани с научния обмен и интегрирането на научните процеси;
- 10.(отм. - ДВ, бр. 107 от 2014 г.)
- 11. професионално развитие на учени и изследователи;
- 12. издръжка на дейността на фонда.
- 13.(нова - ДВ, бр. 16 от 2016 г.) разходи за покриване на собствения принос на висши училища и научни организации за участие в международни програми и проекти, свързани с научни изследвания.