(1) След постъпване на оценките по чл. 96, ал. 2 и на доклада по чл. 97, ал. 3 за всеки отчетен проект постоянната научно-експертна комисия установява съответствието на индивидуалните оценки с критериите за оценяване на изпълнението на проектите и при липса на съответствие уведомява оценителя да коригира несъответствието в едноседмичен срок от получаване на уведомлението.
(2) Постоянната научно-експертна комисия разглежда доклада по чл. 97, ал. 3 и при необходимост изисква от одитора разяснения по направените констатации.
(3) На основание индивидуалните оценки на независимите оценители постоянната научно-експертна комисия предлага на изпълнителния съвет решение за обща научна оценка на всеки проект, отчитайки критериите по чл. 94, ал. 1.
(4) Постоянната научно-експертна комисия представя на изпълнителния съвет доклад за приемане на общите научни оценки за всеки проект и предложение за окончателен размер на одобрените разходи по проекта.
(5) Ако при приключване на проекта окончателният размер на одобрените разходи по ал. 4 е по-малък от получените, в доклада по ал. 4 се определя и размерът на средствата, подлежащи на възстановяване, както и сумата, възстановена на Фонда при условията и по реда на чл. 91, ал. 7.