Контролът по изпълнението на РПР се осъществява:
- 1. от министъра на регионалното развитие и благоустройството чрез определени от него компетентни структури в специализираната администрация на Министерството на регионалното развитие и благоустройството;
- 2. от органите на Агенцията за държавен вътрешен финансов контрол съгласно Закона за държавния вътрешен финансов контрол;
- 3. от органите на Сметната палата съгласно Закона за Сметната палата.