В изпълнение на своите функции управляващият орган се подпомага от междинните звена, на които се делегират определени задачи, включващи следните основни дейности:
- 1. получаване и документиране на формулярите за кандидатстване по програмата;
- 2. извършване проверки на съответствието съгласно изискванията на публикуваните покани за проектни предложения и информиране на кандидатите за резултатите от проверките;
- 3. организиране и администриране дейността на комисиите за техническа оценка на постъпилите проектни предложения по отделните мерки на НОПРР;
- 4. изготвяне на договори за изпълнение с избраните крайни бенефициенти, които се представят за одобрение и подпис от управляващия орган;
- 5. поддържане на база данни с одобрените проекти, извършване проверки на място, въвеждане и актуализиране на оперативната, финансовата и процедурната информация относно техния напредък чрез информационната система за управление;
- 6. подготовка и внасяне на доклади относно системата на управление и контрол и уведомяване на управляващия орган за изменения в системата в нарушение на указанията, дадени от управляващия орган;
- 7. обмен на информация с управляващия орган и със сертифициращия орган за изпълнението на приоритетите на НОПРР, свързани с осъществяването на плащанията и заявките за възстановяване на средства;
- 8. изготвяне на оперативни предложения до управляващия орган, свързани с преразпределение на средства между отделните мерки и приоритети на програмата;
- 9. осъществяване на сътрудничество и координация с органите по изпълнение на секторните оперативни програми и деконцентрираните структури на отделните министерства на регионално и местно ниво;
- 10. подпомагане на управляващия орган при изготвяне на годишните отчети за изпълнението на НОПРР.