(1) Работата на центъра се организира въз основа на годишен план в съответствие с националните здравни приоритети и съобразно спецификата на проблемите в работата на съответните структурни звена в центъра.
(2) Годишният план за работа се разработва при участие на отделните структурни звена и се утвърждава със заповед на директора. Планът включва следните раздели: научно-приложна, експертна, методична, учебна, нормотворческа и издателска дейност.
(3) Посочените раздели обхващат:
- 1. възложени от МЗ задачи - планови и извънредни;
- 2. задачи по договори с физически и юридически лица;
- 3. задачи по международни ангажименти на МЗ и центъра;
- 4. други задачи.
(4) Научната тематика, програмите и проектите се обсъждат и приемат от НС на центъра.
(5) Служителите се отчитат пред прекия си ръководител за извършената работа два пъти - в края на полугодието и в края на съответната календарна година. Ръководителите на структурните звена в центъра се отчитат за същите периоди пред директора за извършената работа и постигнатите резултати. За целта се представят писмени отчети, придружени от конкретни статистически данни и предложения за усъвършенстване на дейността.
(6) Директорът отчита ежегодно цялостната дейност на центъра пред министъра на здравеопазването.