(1) Центърът е структуриран в специализирани отдели, секции и лабораторни звена в съответствие с основните направления на дейност в областта на: епидемиология, микробиология, вирусология, паразитология и тропическа медицина, имунология и алергология, отдел по учебна и организационно-методична дейност и финансово-счетоводни, административно-стопански и технически служби.
(2) Към всяко структурно звено на центъра функционира колегиум, в който участват всички специалисти с висше образование.