(1) Председателят на Агенцията е едноличен орган на изпълнителната власт, който координира и контролира разработването и осъществяването на държавната политика по взаимодействие между научните изследвания, иновациите и технологиите с цел повишаване на технологичното и икономическото развитие на Република България.
(2) При изпълнение на своите правомощия председателят се подпомага от двама заместник-председатели и консултативен борд.
(3) Правомощията на председателя на Агенцията при негово отсъствие от страната или ползване на законоустановен отпуск се изпълняват от определен от него със заповед за всеки конкретен случай заместник-председател.
(4) Със заповед председателят може да разпределя на своите заместници организацията на дейността по отделни свои правомощия и ресори.