(Изм. - ДВ, бр. 26 от 2016 г., в сила от 01.04.2016 г.) Централната лаборатория по карантина на растенията е специализирана структура и юридическо лице в състава на агенцията, която:
- 1. извършва фитосанитарна лабораторна експертиза на растения, растителни продукти и хранителни среди, окончателна диагностика и идентификация на вредители;
- 2.(изм. - ДВ, бр. 71 от 2016 г., в сила от 01.10.2016 г., изм. - ДВ, бр. 90 от 2020 г., в сила от 01.11.2020 г.) проучва вредители и изготвя становище за техния статус в страната и рисковете за разпространението им;
- 3. изготвя, поддържа и разпространява референтни материали за вредители;
- 4. участва в разработването, валидирането и стандартизацията на международни диагностични протоколи за вредители;
- 5. участва в национални и международни междулабораторни сравнения и изпитвания за пригодност и организира такива на национално ниво;
- 6. методически ръководи, обучава и контролира дейността на диагностичните лаборатории по растително здраве в системата на агенцията;
- 7. участва в разработването на методически указания, инструкции, мониторингови програми и информационни материали за карантинни вредители и обучава фитосанитарните инспектори;
- 8. методически ръководи и контролира фитосанитарните прегледи и обследвания; вземането и съхранението на проби с цел надеждна диагностика, локализиране и ликвидиране на огнища от карантинни вредители;
- 9.(изм. - ДВ, бр. 26 от 2016 г., в сила от 01.04.2016 г.) разработва и участва в национални и международни проекти и работни групи, семинари, конференции и други мероприятия, свързани с дейността и;
- 10. методически ръководи и контролира дейността по лабораторните анализи на посевния и посадъчния материал за установяване на здравното му състояние;
- 11. извършва арбитражни лабораторни анализи и издава необходимите документи;
- 12. участва в извършването на проверки в одобрените лаборатории по Закона за посевния и посадъчния материал за съответствието им с нормативноустановените изисквания;
- 13.(доп. - ДВ, бр. 26 от 2016 г., в сила от 01.04.2016 г.) изготвя справки, становища, информации и отчети, свързани с лабораторно-диагностичната дейност в съответствие с компетенциите си;
- 14.(нова - ДВ, бр. 90 от 2020 г., в сила от 01.11.2020 г.) всяка национална референтна лаборатория в структурата на ЦЛКР извършва дейности и упражнява контрол съгласно чл. 101, параграф 1 от Регламент (ЕС) 2017/625.