Проектите задължително са съобразени със следните приоритети:
- 1. приоритети, посочени в Екологичната програма за действие за Централна и Източна Европа: а) разрешаване на здравни проблеми, предизвикани от замърсяване на въздуха, водите и други компоненти на околната среда; б) решаване на проблеми на околната среда в "горещи точки", определени в приложение № 2; в) решаване на трансгранични екологични проблеми; г) опазване на природните ресурси и на биологичното разнообразие; д) технически решения със значителен екологичен ефект, ниски разходи и кратки срокове за изпълнение;
- 2. специфични национални приоритети: а) намаляване замърсяването на въздуха и водите с тежки метали и токсични вещества; б) обработване на битови и опасни отпадъци; в) третиране на питейни и отпадъчни води, постъпващи в речни басейни с влошено екологично състояние; г) осигуряване на трудова заетост в рамките на проекти за опазване на околната среда; д) подобряване на технологиите и организацията на работа на съществуващите пречиствателни съоръжения; е) решаване на екологичните проблеми в земеделието.