Специфичните одитни дейности се ръководят и контролират от изпълнителния директор на агенцията, който:
- 1. утвърждава стратегически одитен план на агенцията, предоставя го на министъра на финансите след преглед от одитния комитет към агенцията и го изпраща на Европейската комисия в съответствие с международните споразумения за получаване на средства от Европейския съюз, по които Република България е страна, и действащото законодателство на Европейския съюз;
- 2. утвърждава годишни одитни планове на агенцията, представя ги на министъра на финансите след преглед от одитния комитет към агенцията и ги изпраща на Европейската комисия в съответствие с международните споразумения за получаване на средства от Европейския съюз, по които Република България е страна, и действащото законодателство на Европейския съюз;
- 3. изготвя годишен контролен доклад, съдържащ резюме на констатациите от одитите по програма ИСПА/Кохезионен фонд по Регламент № 1164/94 на Съвета, и го изпраща до 31 март следващата година на Европейската комисия след преглед от одитния комитет към агенцията;
- 4. изготвя годишен контролен доклад за одитните дейности по структурните фондове и Кохезионния фонд съгласно разпоредбите на чл. 62, т. 1 от Регламент № 1083/2006 на Съвета, който обхваща периода от 30 юни на предишната до 30 юни на текущата година и съдържа резюме на констатациите от одитните доклади през годината, и го представя на Европейската комисия до 31 декември на текущата година след преглед от одитния комитет към агенцията;
- 5. представя на компетентните органи по финансовия механизъм на Европейското икономическо пространство информация за резултатите от извършени одити на системите за управление и контрол и одити на проекти;
- 6. изготвя годишен доклад за одитните дейности по Инструмента за подобряване на бюджетните парични потоци и за подпомагане изпълнението на Шенгенското споразумение, Европейския фонд “Връщане” и фонд “Външни граници”, който подлежи на преглед от одитния комитет към агенцията;
- 7. запознава одитния комитет към агенцията със стратегическия одитен план и годишните одитни планове - за преглед и препоръки, с годишните контролни доклади и други доклади и отчети до Европейската комисия, както и с доклади за индивидуалните одитни ангажименти - за информация и консултиране;
- 8. ръководи дейността на агенцията по разработване на методологията за осъществяване на специфичните одитни дейности;
- 9. ръководи дейността на агенцията по разработване и прилагане на система за осигуряване на качеството на одитната дейност;
- 10. издава заповеди за извършване на планови и извънпланови одити.