(1) Военно-географската служба е структурирана в ръководство, щаб, звено "Сигурност на информацията", сектор "Бюджет и финанси" и подчинено военно формирование - Военен географски център.
(2) Ръководството на Военно-географската служба се състои от началник, заместник-началник, началник на щаба, главен юрисконсулт, старши юрисконсулт и финансов контрольор.