Специализираната администрация на агенцията е организирана в 3 дирекции:
- 1. Главна дирекция “Информационно обслужване и регионална координация”;
- 2. дирекция “Технологично развитие и иновации”;
- 3. дирекция “Конкурентоспособност и предприемачески умения”.