Главният секретар на агенцията се назначава от изпълнителния директор. Той осъществява административното ръководство на общата и специализираната администрация на агенцията, като:
- 1. ръководи, координира и контролира функционирането на администрацията за точното спазване на нормативните актове и за изпълнение на законовите разпореждания на изпълнителния директор;
- 2. представлява агенцията в случаите, когато изрично е упълномощен от изпълнителния директор;
- 3. утвърждава длъжностните характеристики на служителите в агенцията или упълномощава за това служител на ръководна длъжност;
- 4. осъществява общ контрол за изпълнението на възложените задачи;
- 5. създава условия за нормална и ефективна работа на административните звената в агенцията;
- 6. координира финансово-стопанската дейност на агенцията;
- 7. контролира и отговаря за работата с документите и за тяхното съхраняване;
- 8. изготвя годишен доклад за състоянието на администрацията;
- 9. изпълнява други функции, определени с нормативен акт, и задачи, възложени му от изпълнителния директор на агенцията.