Главният секретар на агенцията се назначава от изпълнителния директор и осъществява административното ръководство на общата и специализираната администрация на агенцията, като:
- 1. ръководи, координира и контролира функционирането на администрацията за точното спазване на нормативните актове и за изпълнение на законовите разпореждания на изпълнителния директор;
- 2. създава условия за нормална и ефективна работа на административните звена в агенцията;
- 3. утвърждава длъжностните характеристики на служителите в агенцията или упълномощава за това служител на ръководна длъжност;
- 4. осъществява общ контрол за изпълнението на възложените задачи;
- 5. контролира и отговаря за работата с документите и за съхраняването им;
- 6. осъществява контрол върху входящата и изходящата кореспонденция;
- 7. утвърждава вътрешни правила за административно обслужване на физически и юридически лица и осъществява контрол върху изпълнението им;
- 8. координира финансово-стопанската дейност на агенцията;
- 9. изпълнява и други задачи, възложени му от изпълнителния директор.