(1) Агенцията е организирана в дирекции от общата и специализираната администрация, които подпомагат изпълнителния директор при осъществяване на правомощията му, осигуряват технически дейността му и извършват дейности по административното обслужване на физическите и юридическите лица.
(2)(Изм. - ДВ, бр. 33 от 2015 г., в сила от 15.05.2015 г., изм. - ДВ, бр. 7 от 2020 г., в сила от 01.02.2020 г.) Общата численост на персонала в агенцията е 521 щатни бройки, разпределени съгласно приложението.
(3) Структурата на звената в агенцията и длъжностното разписание се утвърждават от изпълнителния директор по предложение на главния секретар в рамките на утвърдената численост.