(1) Дейността на Института е организирана в обща и специализирана администрация.
(2) Общата администрация се състои от дирекция "Финансово, административно и правно обслужване на дейността", а специализираната - от дирекциите:
- 1.(отм. - ДВ, бр. 72 от 2018 г., в сила от 31.08.2018 г.)
- 2.(изм. - ДВ, бр. 72 от 2018 г., в сила от 31.08.2018 г.) Изучаване, регистри и Национален документален архивен фонд;
- 3.(изм. - ДВ, бр. 72 от 2018 г., в сила от 31.08.2018 г.) Териториалноустройствена защита и мониторинг.
(3)(Изм. - ДВ, бр. 103 от 2013 г., в сила от 29.11.2013 г., изм. - ДВ, бр. 58 от 2024 г., в сила от 09.07.2024 г.) Общата численост на персонала в Института е 74 щатни бройки и е разпределена по организационни структури съгласно приложението.