(1) Академията се ползва с академична автономия в съответствие с акта за създаването си и с разпоредбите на Закона за отбраната и въоръжените сили на Република България и Закона за висшето образование.
(2) Академичното самоуправление се изразява във:
- 1. изборността и мандатността на органите за управление с изключение на началника на академията;
- 2. правото академията да урежда своите дейности с вътрешни актове съгласно условията и по реда на действащото законодателство и на този правилник;
- 3. определяне на научно-преподавателския състав при условията и по реда на действащото законодателство;
- 4.(изм. - ДВ, бр. 63 от 2026 г., в сила от 10.07.2026 г.) правото на формиране и разходване на собствени приходи от научноизследователска и експертно-консултантска дейност, такси за кандидатстване и обучение, следдипломна квалификация, стопанска дейност, свързана с основната дейност на академията, както и от реализацията на създаваните от нея научноизследователски резултати и други обекти на интелектуалната собственост;
- 5. правото за изграждане, притежаване и ползване на материална база, необходима за дейността на академията;
- 6.(нова - ДВ, бр. 35 от 2021 г., в сила от 27.04.2021 г., изм. - ДВ, бр. 63 от 2026 г., в сила от 10.07.2026 г.) правото на сключване на споразумения с висши държавни, частни и общински училища от системата на предучилищното и училищното образование и научни организации за извършване на съвместна учебна и научна дейност при спазване изискванията на Закона за висшето образование и Закона за отбраната и въоръжените сили на Република България.