Във военноапелативна прокуратура се водят на специален отчет делата:
- 1. за престъпления по глава втора, раздел I;
- 2. за престъпления, осъществени от лица на длъжност командир на корпус, на по-горна длъжност и съответстващи на тях, на длъжност в Генералния щаб на БА, от лица на длъжност в национална служба на МВР, на по-горна длъжност и съответстващи на тях, на длъжност в съответните министерства;
- 3. за престъпления, свързани с използването на специални разузнавателни средства и защитата на класифицираната информация.