(1) Общото ръководство и контролът върху дейността на СДВНЧ се осъществяват от директора на дирекция “Миграция” на МВР, който се подпомага от заместник-директор.
(2) Цялостната дейност и непосредственото ръководство на СДВНЧ се осъществява от началника на съответния дом.