(1) Структурата на МЕУ включва звено за вътрешен одит, инспекторат, финансов контрольор, звено по защита на класифицираната информация, сигурност и отбранително-мобилизационна подготовка, обща администрация, организирана в пет дирекции, и специализирана администрация, организирана в шест дирекции.
(2) Общата численост на персонала на МЕУ е 237 щатни бройки.
(3) Разпределението на персонала по административни звена в МЕУ е посочено в приложението.
(4) Министърът утвърждава организационно-управленската структура и длъжностното разписание по предложение на главния секретар.