(1) Главният секретар ръководи, координира и контролира дейността на администрацията, като:
- 1. отговаря за планирането и отчетността при изпълнение на ежегодните цели на администрацията;
- 2. ръководи дейността по управление на човешките ресурси;
- 3. ръководи административното обслужване.
(2) Главният секретар:
- 1. осигурява организационната връзка между председателя и административните звена, както и между административните звена в рамките на своите правомощия;
- 2. организира разпределянето на задачите за изпълнение между административните звена;
- 3. утвърждава длъжностните характеристики на служителите;
- 4. създава условия за нормална и ефективна работа и осъществява контрол по изпълнението на възложените задачи;
- 5. контролира и отговаря за работата с документите, за съхраняването им и за опазването на служебната тайна;
- 6. ръководи процеса по въвеждането на автоматизирани системи в работата на администрацията;
- 7. координира и контролира дейността по управлението на държавната собственост, предоставена на агенцията;
- 8. организира подготовката на проекта на бюджет на агенцията;
- 9. изготвя ежегоден доклад за състоянието на администрацията и го представя на председателя;
- 10. координира оперативното взаимодействие с администрациите на други органи на изпълнителната власт;
- 11. представлява агенцията в случаите, в които е упълномощен изрично от председателя, по проблеми, свързани с функционирането на администрацията;
- 12. изпълнява и други задачи, възложени му от председателя.