(1) Структурата на музея се определя в зависимост от тематичния му обхват и формираните фондове и включва специализирани отдели и обща администрация.
(2) Специализираните отдели осъществяват дейностите, свързани с управлението, опазването и представянето на тематично формирани колекции на българското изобразително изкуство съгласно чл. 6, ал. 2, т. 1 - 5, 8 и 9.
(3) Специализираните отдели са групирани в две функционално-творчески направления:
- 1. направление "Изобразителни изкуства и фондова дейност" със следните отдели: а) "Християнско изкуство" - осъществява дейностите, свързани с произведенията на българското изобразително изкуство от периода на Средновековието и Възраждането; б) "Ново българско изкуство" - осъществява дейности, свързани с произведенията на българското изобразително изкуство от периода 1878 - 1945 г.; в) "Съвременно българско изкуство" - осъществява дейностите, свързани с произведенията на българското изобразително изкуство от периода след 1945 г.; г) "Декоративно изкуство" - осъществява дейностите, свързани с произведенията на българското декоративно изкуство;
- 2. направление "Експозиционна, научна дейност и образователни програми" със следните отдели: а) "Експозиционни и образователни програми и екскурзоводска дейност"; б) "Лаборатория по консервация и реставрация"; в) "Научен архив и библиотека".
(4) Към отдел "Християнско изкуство" функционира "Музей на християнското изкуство - Крипта на храм-паметник "Св. Александър Невски", в който се експонират произведения на църковно-християнското изкуство.
(5) Към отдел "Съвременно българско изкуство" функционират:
- 1. Музей на социалистическото изкуство - който осъществява дейности по издирване, изучаване и представяне на българското изкуство, създадено в периода 1944 - 1989 г., тематично и естетически свързано с господстващата в периода идеология;
- 2. Музей на съвременното изкуство - САМСИ (Софийски арсенал - Музей на съвременното изкуство);
- 3. Изложбена зала галерия "Средец" към Министерството на културата.
(6) Към отделите "Ново българско изкуство" и "Съвременно българско изкуство" функционират къщите-музеи "Вера Недкова", "Никола Танев" и "Иван Лазаров".
(7) Общата администрация включва:
- 1. дейност "Художествено оформление, маркетинг и реклама";
- 2. дейност "Връзки с обществеността и международна дейност";
- 3. дейност "Финансово-счетоводен";
- 4. дейност "Административно обслужване и стопански дейности";
- 5. дейност "Човешки ресурси".