Факултетските болници се финансират за извършена от тях лечебно-диагностична и профилактична дейност:
- 1. от държавния бюджет в съответствие с чл. 7, ал. 2 от Постановление № 220 на Министерския съвет от 1992 г. за определяне статута на националните центрове при закритата Медицинска академия и за уреждане на други правоотношения, свързани със закриването й (обн., ДВ, бр. 93 от 1992 г.; изм. и доп., бр. 4 и 25 от 1993 г.);
- 2. от други извънбюджетни източници съгласно съответните нормативни актове.