(1) Органи на управление на агенцията са управителният съвет и изпълнителният директор.
(2) Агенцията се ръководи и представлява от изпълнителния директор.
(3)(Нова - ДВ, бр. 54 от 2010 г.) Общото ръководство и контрол върху дейността на агенцията се осъществява от министъра на финансите или от определен от него заместник-министър.