Министърът на образованието и науката осъществява контрол върху дейността на Фонд "Научни изследвания", като:
- 1. извършва наблюдение върху дейността на фонда и дава писмени препоръки и указания в случай на необходимост;
- 2. осъществява контрол чрез Инспектората на Министерството на образованието и науката;
- 3. приема годишния отчет за дейността на Фонд "Научни изследвания";
- 4. освобождава състава на изпълнителния съвет и управителя на Фонд "Научни изследвания" в случай на констатирани нарушения на разпоредбите на този закон или след получена незадоволителна оценка на дейността на фонда съгласно правилника за наблюдение и оценка по чл. 85, ал. 1.