(1) Структурата на музея се определя в зависимост от тематичния му обхват и формираните фондове и включва специализирани направления, отдели и обща администрация.
(2) Специализираните направления и отдели на пряко подчинение на директора са:
- 1. направление "Българско изкуство" със следните отдели: а) отдел "Съхранение и регистрация на колекция "Българско изкуство"; б) отдел "Изследване и представяне на българското изкуство";
- 2. направление "Чуждестранно изкуство" със следните отдели: а) отдел "Съхранение и регистрация на колекции "Чуждестранно изкуство"; б) отдел "Изследване и представяне на чуждестранното изкуство";
- 3. отдел "Опазване и дигитализация на движими културни ценности и произведения на съвременното изкуство" със следните звена: а) Лаборатория по консервация и реставрация; б) сектор "Дигитализация на колекциите"; в) фотоателие и фотодокументация; г) Научен архив и библиотека;
- 4. направление "Филиали. Организация експозиции" със звена: а) филиал "Музей за християнско изкуство" - крипта на храм-паметник "Св. Александър Невски"; б) филиал за временни изложби "Двореца"; в) филиал "Музей на изкуството от периода на социализма"; г) филиал "Софийски арсенал - Музей за съвременно изкуство"; д) къщи-музеи: "Вера Недкова", "Никола Танев", "Иван Лазаров", "Александър Божинов", "Андрей Николов"; е) Графичен кабинет; ж) отдел "Организация експозиции"; з) отдел "Информация и обслужване на публиката".
(3) Отдел "Комуникации" е пряко подчинен на директора на музея и осъществява следните дейности, свързани със:
- 1. международни контакти, европейски програми и проекти;
- 2. връзки с медиите и обществеността;
- 3. поддръжка на сайта на галерията и връзка със социалните мрежи;
- 4. графичен дизайн и предпечатна подготовка;
- 5. образователни програми;
- 6. развитие на меценатството, маркетинг и реклама.
(4) Общата администрация на музея е обособена в направление "Администрация и финанси" със следните отдели:
- 1. "Бюджет и финансово-счетоводна дейност";
- 2. "Стопанска дейност";
- 3. "Юридически";
- 4. "Управление и поддръжка на собствеността";
- 5. "Обща администрация";
- 6. "Технически екип".