(Изм. - ДВ, бр. 20 от 2021 г., в сила от 09.03.2021 г.) Специализираната администрация на Агенцията е организирана в две дирекции:
- 1.(изм. - ДВ, бр. 20 от 2021 г., в сила от 09.03.2021 г.) Дирекция "Развитие на малките и средните предприятия";
- 2. дирекция "Интернационализация на малките и средните предприятия".