Музеят се финансира от:
- 1. държавния бюджет чрез бюджета на Министерството на образованието и науката;
- 2. собствени приходи от извършване на услуги, спонсорство, дарения, завещания от български и чуждестранни физически и юридически лица и др.;
- 3. проекти по международни и национални програми.