(Изм. - ДВ, бр. 63 от 2003 г., изм. - ДВ, бр. 67 от 2006 г., изм. - ДВ, бр. 1 от 2008 г.) Главното управление е организирано в пет дирекции и три самостоятелни отдела:
- 1. дирекция "Строителство";
- 2. дирекция "Собственост и стопански дейности";
- 3. дирекция "Публични задачи";
- 4. дирекция "Безопасност и управление на качеството";
- 5.(отм. - ДВ, бр. 1 от 2008 г.)
- 6. дирекция "Финансово-икономическа";
- 7.(отм. - ДВ, бр. 1 от 2008 г.)
- 8. отдел "Правен";
- 9. отдел "Човешки ресурси";
- 10. отдел "Връзки с обществеността и протокол";
- 11.(нова - ДВ, бр. 90 от 2016 г.) "дирекция "Вътрешен одит".