(Нов - ДВ, бр. 88 от 2023 г.) Орган за управление на мрежата "Натура 2000" на национално ниво е министърът на околната среда и водите, който:
- 1. разработва и утвърждава методически ръководства и указания с цел прилагане на единен подход в планирането и управлението на мрежата "Натура 2000";
- 2. организира дейности по събиране, валидиране, анализ и управление на научна информация и данни за "Натура 2000";
- 3. извършва периодична оценка за достатъчността на мрежата "Натура 2000" и на изпълнението на целите на мрежата "Натура 2000" на национално ниво;
- 4. извършва промени в стандартните формуляри с данни и оценки за защитените зони;
- 5. организира изготвянето и представя на Европейската комисия докладите по чл. 12 от Директива 2009/147/ЕО и чл. 17 от Директива 92/43/ЕИО;
- 6. подпомага методически органите за управление на защитените зони по чл. 117а, ал. 1, включително чрез организиране и провеждане на регулярни семинари и обучения на участниците по специфични теми, свързани с "Натура 2000";
- 7. утвърждава правилник за работата на комитетите на заинтересованите страни по чл. 117а, ал. 3 - 5;
- 8. утвърждава плановете за управление по чл. 27, ал. 1 и техните актуализации и промени след разглеждане от Националния съвет по биологичното разнообразие;
- 9. организира разработването на Националната рамка за приоритетни действия за "Натура 2000" и следи за нейното изпълнение.