Националната екологична мрежа цели:
- 1. дългосрочното опазване на биологичното, геологичното и ландшафтното разнообразие;
- 2. осигуряването на достатъчни по площ и качество места за размножаване, хранене и почивка, включително при миграция, линеене и зимуване на дивите животни;
- 3. създаването на условия за генетичен обмен между разделени популации и видове;
- 4. участието на Република България в европейските и световните екологични мрежи;
- 5. ограничаване на негативното антропогенно въздействие върху защитени територии.