(1) Изключения от забраните по чл. 38, 40, чл. 41, ал. 3, чл. 44, 46 и чл. 47, ал. 1 се допускат само когато няма друго алтернативно решение и при условие, че популациите на засегнатия вид не са увредени в областта на естественото им разпространение и са в благоприятно състояние.
(2) Изключенията по ал. 1 се допускат в следните случаи:
- 1.(изм. - ДВ, бр. 88 от 2005 г.) в интерес на защитата на видове от дивата флора и фауна и за запазване на природни местообитания;
- 2.(доп. - ДВ, бр. 88 от 2005 г.) за предпазване от сериозно увреждане на селскостопански култури, добитък, гори, води, рибарници, дивечовъдни ферми и други видове имоти;
- 3.(изм. - ДВ, бр. 88 от 2005 г., изм. - ДВ, бр. 94 от 2007 г.) в интерес на общественото здраве и безопасност; 3а. (нова - ДВ, бр. 94 от 2007 г.) по други причини от първостепенен обществен интерес, включително такива от социален или икономически характер или изразяващи се в изключително благоприятни последици за околната среда;
- 4.(нова - ДВ, бр. 88 от 2005 г.) в интерес на безопасността на въздушния транспорт;
- 5.(предишна т. 4, доп. - ДВ, бр. 88 от 2005 г., изм. - ДВ, бр. 94 от 2007 г.) за целите на научните изследвания и обучението, при въвеждане или повторно въвеждане на видове и изкуственото размножаване на растения.
(3) В случаите по ал. 2, когато се засягат видове от приложение № 3, изключенията се допускат само за ограничен брой екземпляри.
(4)(Нова - ДВ, бр. 94 от 2007 г.) Изключенията по ал. 2, т. 3а не се отнасят за дивите птици.