Специализираната администрация е организирана във:
- 1. дирекция “Международно сътрудничество и хуманитарни операции”;
- 2. дирекция “Подготовка, защита и контрол”;
- 3. дирекция “Възстановяване и подпомагане при кризи”;
- 4. 28 дирекции “Гражданска защита” - по една за всяка област.