Финансирането на Центъра за подводна археология се осъществява от:
- 1. реализирани собствени приходи от продажба на услуги, наеми, спонсорство, дарения, завещания от български и чуждестранни физически и юридически лица и други;
- 2. субсидия от републиканския бюджет чрез бюджета на Министерството на културата;
- 3. субсидии от Националния център за музеи, галерии и изобразителни изкуства за защитени проекти;
- 4. средства от реализирани международни и национални културни проекти.