(1) Комисията се състои от 13 членове, включително председател и заместник-председател. Поименният състав на комисията се определя с решение на Министерския съвет по предложение на министъра на здравеопазването.
(2) В състава на комисията се включват четирима представители на Министерството на здравеопазването, трима представители на Министерството на икономиката и енергетиката, двама представители на Националната здравноосигурителна каса, двама представители на Изпълнителната агенция по лекарствата, един представител на Министерството на финансите и един представител на Министерството на труда и социалната политика.
(3) В състава на комисията задължително се включва поне един правоспособен юрист.
(4) Членовете на комисията са с мандат 4 години.
(5) Лице, което е член на комисията, не може да бъде едновременно и член на Комисията по позитивния лекарствен списък и на Комисията по прозрачност.
(6) На всеки две години една втора от състава на комисията се обновява.