(1) На основата на определена от Министерството на здравеопазването численост на персонала центърът определя самостоятелно своята структура, която включва клинични отделения, лаборатории, звена и отдели и се утвърждава от директора.
(2) Взаимодействието между звената на центъра се ръководи и контролира от директора с помощта на Дирекционния съвет.
(3) Директорът на центъра извършва при необходимост промени във вътрешната структура, както и трансформация на длъжности.