(1) ВВМУ "Н. Й. Вапцаров" се ползва с академична автономия в съответствие с акта за създаването си и с разпоредбите на Закона за отбраната и въоръжените сили на Република България и Закона за висшето образование.
(2) Академичното самоуправление се изразява във:
- 1. изборността и мандатността на органите за управление с изключение на началника на ВВМУ "Н. Й. Вапцаров";
- 2.(изм. и доп. - ДВ, бр. 106 от 2020 г., в сила от 15.12.2020 г.) правото да изготвя вътрешни актове в съответствие със Закона за отбраната и въоръжените сили на Република България, акта за създаване на ВВМУ "Н. Й. Вапцаров", Закона за висшето образование, Закона за развитие на академичния състав в Република България, този правилник и други нормативни актове, регламентиращи дейността и законовите задължения на висшето училище;
- 3. определяне на научно-преподавателския състав при условията и по реда на действащото законодателство;
- 4. правото на формиране и разходване на собствени приходи от постъпления от научноизследователска и експертно-консултантска дейност, от такси за кандидатстване и обучение, от следдипломна квалификация и от други дейности, свързани с учебния процес;
- 5. правото за изграждане, притежаване и ползване на материална база, необходима за дейността на ВВМУ "Н. Й. Вапцаров";
- 6.(нова - ДВ, бр. 106 от 2020 г., в сила от 15.12.2020 г.) правото на сключване на споразумения с държавни и общински училища от системата на предучилищното и училищното образование за извършване на съвместна учебна дейност при спазване изискванията на Закона за висшето образование и на Закона за предучилищното и училищното образование; споразумението, както и промените в него влизат в сила след одобряване от министъра на образованието и науката.