Директорът на агенцията:
- 1. ръководи и контролира дейността на агенцията;
- 2.(доп. - ДВ, бр. 20 от 2008 г.) одобрява методически указания за извършването на инспекционната дейност и възлага извършването на контрол по качеството й;
- 3. издава заповеди за възлагане, спиране и възобновяване на финансови инспекции, както и заповеди за тяхното изменение и отмяна;
- 4.(нова - ДВ, бр. 30 от 2009 г.) издава заповеди за оказване съдействие на контрольорите на Европейската комисия, наричана по-нататък "Комисията", при извършване на контрола и проверките на място;
- 5.(нова - ДВ, бр. 92 от 2011 г.) утвърждава годишния план на финансовите инспекции на дейността по възлагане и изпълнение на обществени поръчки;
- 6.(предишна т. 4 - ДВ, бр. 30 от 2009 г., предишна т. 5 - ДВ, бр. 92 от 2011 г., изм. - ДВ, бр. 94 от 2024 г., в сила от 07.12.2024 г.) издава заповеди за извършването на насрещни проверки, както и заповеди за тяхното изменение и отмяна;
- 7.(предишна т. 5 - ДВ, бр. 30 от 2009 г., предишна т. 6 - ДВ, бр. 92 от 2011 г.) назначава комисията по чл. 5, ал. 1;
- 8.(предишна т. 6 - ДВ, бр. 30 от 2009 г., предишна т. 7 - ДВ, бр. 92 от 2011 г.) утвърждава списъка по чл. 23, ал. 3;
- 9.(предишна т. 7 - ДВ, бр. 30 от 2009 г., предишна т. 8 - ДВ, бр. 92 от 2011 г.) назначава вещи лица по чл. 10, ал. 2 от закона;
- 10.(предишна т. 8 - ДВ, бр. 30 от 2009 г., предишна т. 9, изм. - ДВ, бр. 92 от 2011 г.) организира професионалната квалификация и обучение на служителите на агенцията съгласно чл. 8, ал. 1, т. 6 от закона;
- 11.(предишна т. 9 - ДВ, бр. 30 от 2009 г., предишна т. 10 - ДВ, бр. 92 от 2011 г.) осъществява взаимодействие и обменя информация с други държавни органи във връзка с инспекционната дейност;
- 12.(предишна т. 10 - ДВ, бр. 30 от 2009 г., предишна т. 11 - ДВ, бр. 92 от 2011 г.) представлява агенцията и организира международните й връзки.