Секретарят ръководи администрацията на Националната комисия, като:
- 1. организира цялостната оперативна дейност;
- 2. организира подготовката на заседанията на Националната комисия и провежда изпълнението на взетите решения;
- 3. координира дейността на местните комисии;
- 4. организира и контролира изпълнението на задачите от администрацията на Националната комисия;
- 5. контролира и отговаря за работата с документите и за тяхното съхраняване в съответствие с изискванията на Закона за защита на класифицираната информация;
- 6. организира и контролира набирането и съхраняването на статистическа информация от всички институции, включени в състава на Националната комисия, както и от неправителствените организации при спазване изискванията на Закона за защита на класифицираната информация;
- 7. организира и контролира воденето на регистъра по чл. 9, ал. 1, т. 2 от Закона за борба с трафика на хора;
- 8. изпълнява и други задачи, възложени му от председателя на Националната комисия.